മസ്ജിദ് തകര്‍ത്ത് പത്തു ദിവസത്തിനു ശേഷമാണ് അദ്ദേഹത്തിന്റെ നേതൃത്വത്തിലുള്ള കമ്മീഷനെ നിയോഗിച്ചത്. 17 വര്‍ഷത്തിനു ശേഷം 2009ലാണ് ഇതിന്റെ റിപ്പോര്‍ട്ട് കമ്മീഷന്‍ നല്‍കിയത്. ആദ്യം മൂന്നു മാസത്തിനകം റിപ്പോര്‍ട്ട് സമര്‍പിക്കാനായിരുന്നു ആവശ്യപ്പെട്ടിരുന്നത്. പിന്നീട് 48 തവണ കമ്മീഷന്റെ കാലാവധി നീട്ടി നല്‍കുകയുണ്ടായി. ഇക്കാലയളവില്‍ അന്വേഷണ പ്രവര്‍ത്തനങ്ങള്‍ക്കായി എട്ടു കോടി രൂപ ചെലവഴിക്കുകയും ചെയ്തു. മസ്ജിദ് തകര്‍ത്തത് ആസൂത്രണത്തോടെയാണെന്നും ഇക്കാര്യത്തില്‍ വിശദമായ അന്വേഷണം നടത്തണമെന്നുമായിരുന്നു കമ്മീഷന്റെ ശിപാര്‍ശ.

ആര്‍എസ്എസ്, ബിജെപി, വിഎച്ച്പി, ശിവസേന, ബജ്‌റംഗ്ദള്‍ തുടങ്ങി ഹിന്ദുത്വ സംഘടന നേതാക്കളായ 68 പേരെ സംബന്ധിച്ച് കമ്മീഷന്‍ റിപ്പോര്‍ട്ടില്‍ പരാമര്‍ശിച്ചിരുന്നു. പള്ളി പൊളിക്കുന്നതിലേക്ക് നയിച്ചത് ഇവരില്‍ ചിലരുടെ പ്രവര്‍ത്തനങ്ങളും പ്രസംഗങ്ങളുമാണെന്ന കമ്മീഷന്റെ പ്രധാന കണ്ടെത്തലുകളൊന്നും കോടതി പരിഗണിച്ചില്ല. കോടതി ഇത്തരം വിഷയങ്ങളിലേക്ക് കടന്നിട്ടില്ലേ എന്ന കാര്യം അറിയില്ലെന്നും ജസറ്റിസ് ലിബര്‍ഹാന്‍ പ്രതികരിച്ചു.

‘വിഡിയോ, ഓഡിയോ തെളിവുകളുടെ ആധികാരികതയാണ് കോടതി ചോദ്യം ചെയ്തത്. എന്നാല്‍ ഇത് മാത്രമല്ല തെളിവുകളായി ഉണ്ടായിരുന്നത്. ഒട്ടേറെ കണ്ടെത്തലുകള്‍ കമ്മീഷന്‍ നടത്തിയിരുന്നു’ അദ്ദേഹം വ്യക്തമാക്കി.