തലസ്ഥാനത്ത് യൂണിവേഴ്‌സിറ്റി കോളജിലെ പഠനകാലത്താണ് സ്വാതന്ത്ര്യസമരത്തിലേക്ക് ആകൃഷ്ടനാകുന്നത്. സമരത്തില്‍ പങ്കെടുക്കാനായി പഠനം പാതിവഴിയില്‍ നിര്‍ത്തേണ്ടിവന്നു. 1952ല്‍ രാമപുരം മണ്ഡലം പ്രസിഡന്റായാണ് രാഷ്ട്രീയത്തില്‍ സജീവമാകുന്നത്. ജേക്കബിനെ കണ്ടെടുത്തത് സാക്ഷാല്‍ ജവഹര്‍ലാല്‍ നെഹ്‌റുവാണെന്നതാണ് സമകാലികരായ മറ്റ് നേതാക്കളില്‍ നിന്ന് അദ്ദേഹത്തെ വ്യത്യസ്തനാക്കുന്ന പ്രധാന ഘടകം.

ജേക്കബിലെ പ്രാസംഗികനെയും സംഘാടകനെയും തിരിച്ചറിഞ്ഞ നെഹ്‌റു അദ്ദേഹത്തെ ഉയര്‍ന്ന പദവികളിലേക്ക് ഉയര്‍ത്തി. 1954ലാണ് ജവഹര്‍ലാല്‍ നെഹ്‌റു സ്ഥാപക പ്രസിഡന്റായ ഭാരത് സേവക് സമാജില്‍ ജേക്കബ് അംഗമാകുന്നത്. മികച്ച പ്രസംഗകനും സംഘാടകനുമെന്ന് പേരെടുത്ത ജേക്കബിന് ബി.എസ്.എസ് പ്രചാരകര്‍ക്കു പരിശീലനം നല്‍കുന്ന ചുമതലയാണ് നെഹ്‌റു നല്‍കിയത്. പിന്നീട് ബി.എസ്.എസിന്റെ അഖിലേന്ത്യാ വൈസ് ചെയര്‍മാനായി.
നെഹ്‌റുവുമായുള്ള അടുപ്പം കോണ്‍ഗ്രസിന്റെ നേതൃനിരയിലേക്ക് ജേക്കബിനെ എത്തിച്ചു. പില്‍ക്കാലത്ത് ഇന്ദിരാഗാന്ധിയും രാജീവ് ഗാന്ധിയും സോണിയാഗാന്ധിയും രാഹുല്‍ഗാന്ധിയും വരെയുള്ളവര്‍ ജേക്കബിന്റെ അഭിപ്രായത്തിനായി കാതോര്‍ത്തത് ചരിത്രം.

കെ.പി.സി.സി ജനറല്‍ സെക്രട്ടറി, ട്രഷറര്‍, എ.ഐ.സി.സി അംഗം, കോണ്‍ഗ്രസ് ദേശീയ ജനറല്‍ സെക്രട്ടറി തുടങ്ങിയ പദവികള്‍ പാര്‍ട്ടിയില്‍ വഹിച്ചു. 1970ലെ നിയമസഭാ തെരഞ്ഞെടുപ്പില്‍ പാലായില്‍ കെ.എം മാണിക്കെതിരെ കന്നി അങ്കത്തിനിറങ്ങിയെങ്കിലും തോല്‍വി അറിഞ്ഞു. 374 വോട്ടുകള്‍ക്കാണ് മാണിയോട് പരാജയപ്പെട്ടത്. 1980ല്‍ വീണ്ടും മാണിക്കെതിരെ മത്സരരംഗത്തിറങ്ങി 4566 വോട്ടിനു പരാജയപ്പെട്ടു. 1982ലും 1988ലും രാജ്യസഭയിലേക്ക് തെരഞ്ഞെടുക്കപ്പെട്ടു. മികച്ച പാര്‍ലമെന്റേറിയനായി പേരെടുത്ത അദ്ദേഹം 1986ല്‍ രാജ്യസഭാ ഉപാധ്യക്ഷനായി. ജേക്കബ് ആണ് മത്സരിക്കുന്നതെന്ന് അറിഞ്ഞെങ്കില്‍ എതിര്‍സ്ഥാനാര്‍ത്ഥിയെ നിര്‍ത്തില്ലായിരുന്നുവെന്നാണ് അന്നത്തെ പ്രതിപക്ഷ നേതാവ് എല്‍.കെ അദ്വാനി കോണ്‍ഗ്രസ് നേതാക്കളോട് പറഞ്ഞത്. എതിരാളികള്‍ക്കിടയിലും ജേക്കബിനുള്ള സ്വീകാര്യത തെളിയിക്കുന്ന സംഭവമായിരുന്നു ഇത്.

രാജീവ്ഗാന്ധി മന്ത്രിസഭ 1986ല്‍ പുനഃസംഘടിപ്പിച്ചപ്പോള്‍ എം.എം ജേക്കബ് പാര്‍ലമെന്ററികാര്യ സഹമന്ത്രിയായി. 1989ല്‍ അദ്ദേഹത്തിന് ജലവിഭവത്തിന്റെ സ്വതന്ത്ര ചുമതല കൂടി ലഭിച്ചു.1991ല്‍ നരസിംഹറാവു മന്ത്രിസഭയില്‍ ആഭ്യന്തര സഹമന്ത്രിസ്ഥാനം ലഭിച്ച ജേക്കബിന് 1993ലെ പുനഃസംഘടനയില്‍ മന്ത്രിസ്ഥാനം നഷ്ടപ്പെട്ടു. 1985ലും 1993ലും ഐക്യരാഷ്ട്ര സംഘടനയുടെ പൊതുസഭയില്‍ പ്രസംഗിച്ചു. 1993ല്‍ ഫ്രാന്‍സിലെ സ്ട്രാസ്ബര്‍ഗിലും 1994യില്‍ വിയന്നയിലും നടന്ന യു.എന്‍ മനുഷ്യാവകാശ സമ്മേളനങ്ങളില്‍ ഇന്ത്യയെ പ്രതിനിധീകരിച്ചു.

1995 മുതല്‍ 2007 വരെ മേഘാലയ ഗവര്‍ണര്‍ ആയിരുന്ന അദ്ദേഹം ജനകീയ ഗവര്‍ണറായി പേരെടുത്തു. എന്‍.ഡി.എ സര്‍ക്കാരിനും എം.എം ജേക്കബിന്റെ കഴിവില്‍ സംശയമുണ്ടായിരുന്നില്ല. 2000ല്‍ മേഘാലയയുടെ ഗവര്‍ണറായി ഒരു കാലാവധി കൂടി അദ്ദേഹത്തിനു നല്‍കിയത് വാജ്‌പേയി സര്‍ക്കാരാണ്. രണ്ടാം ടേം പൂര്‍ത്തിയാക്കി വീണ്ടും രണ്ടു വര്‍ഷംകൂടി ഗവര്‍ണര്‍ പദവിയില്‍ തുടര്‍ന്ന ശേഷമാണ് അദ്ദേഹം വിരമിച്ചത്. ്