സംരക്ഷകനായ മുഖ്യമന്ത്രി പിണറായി വിജയന്‍ കൈവിട്ടതോടെ വിജിലന്‍സ് ഡയരക്ടര്‍ സ്ഥാനത്ത് നിന്നും ജേക്കബ് തോമസ് പുറത്ത്. ഹൈക്കോടതിയില്‍ നിന്ന് നിരന്തരമുണ്ടായ വിമര്‍ശനങ്ങളും ജിഷവധക്കേസില്‍ സര്‍ക്കാറിനെ പ്രതിക്കൂട്ടിലാക്കുന്ന റിപ്പോര്‍ട്ട് നല്‍കിയതുമാണ് ജേക്കബ് തോമസിന് പുറത്തേക്കുള്ള വാതില്‍ തുറന്നത്. പിണറായി വിജയന്‍ പരമാവധി സംരക്ഷിക്കാന്‍ ശ്രമിച്ചെങ്കിലും ഇ.പി ജയരാജന്‍ പ്രതിയായ ബന്ധുനിയമന കേസിലും ടി.പി ദാസന്‍ ഉള്‍പ്പെട്ട ലോട്ടറി അഴിമതി കേസിലും വിജിലന്‍സ് പിടിമുറിക്കിയതോടെ ജേക്കബ് തോമസിനെ ഉടനടി മാറ്റണമെന്ന് സി.പി.എം നിര്‍ദേശിക്കുകയായിരുന്നു. സംസ്ഥാന പൊലീസ് മേധാവി ലോക്‌നാഥ് ബെഹ്‌റക്ക് വിജിലന്‍സിന്റെ താല്‍ക്കാലിക ചുമതല നല്‍കിയിട്ടുണ്ട്.
ആദ്യം മൂന്നുമാസത്തെ അവധിയില്‍ പ്രവേശിക്കുകയാണ് എന്ന് പറഞ്ഞ ജേക്കബ് തോമസ്, പിന്നീട് തന്നെ സ്ഥാനത്ത് നിന്നും മാറ്റിയതാണെന്ന് സ്ഥിരീകരിച്ചു. അവധിയില്‍ പ്രവേശിക്കാനുള്ള കാരണം വൈകാതെ തുറന്നു പറയാമെന്ന് വ്യക്തമാക്കിയ അദ്ദേഹം, ഇനി സര്‍ക്കാര്‍ സര്‍വീസില്‍ തുടരുന്നതില്‍ അര്‍ത്ഥമില്ലെന്നും ശിഷ്ടകാലം മറ്റെന്തെങ്കിലും മേഖലയില്‍ ചെലവഴിക്കാനാണ് ആഗ്രഹമെന്നും മാധ്യമങ്ങളോട് പറഞ്ഞു. കഴിഞ്ഞ ദിവസം മുഖ്യമന്ത്രി വിളിച്ച വിജിലന്‍സ് ഉദ്യോഗസ്ഥരുടെ യോഗത്തില്‍ വലിയ വിമര്‍ശനമാണ് ജേക്കബ് തോമസിനെതിരെ ഉയര്‍ന്നത്. വിജിലന്‍സ് ഡയരക്ടറെ മാറ്റാത്തതെന്തെന്ന് ഹൈക്കോടതിയില്‍ ജസ്റ്റിസ് പി. ഉബൈദ് കഴിഞ്ഞയാഴ്ച വാക്കാല്‍ ചോദിച്ചിരുന്നു. ബന്ധുനിയമനം, ബാര്‍ കോഴ, ലാവ്‌ലിന്‍ തുടങ്ങിയ കേസുകള്‍ പരിഗണിക്കുന്നത് ജസ്റ്റിസ് ഉബൈദിന്റെ ബെഞ്ചാണ്. ജേക്കബ് തോമസ് വിജിലന്‍സ് ഡയരക്ടര്‍ സ്ഥാനത്തു തുടരുന്നത് അഭികാമ്യമല്ലെന്ന് സി.പി.എം വിലയിരുത്തിയെന്നും ഉടനെ അദ്ദേഹത്ത മാറ്റണമെന്നത് രാഷ്ട്രീയ തീരുമാനമാണെന്നും പാര്‍ട്ടി വൃത്തങ്ങള്‍ പറഞ്ഞു.
പിണറായി സര്‍ക്കാറിന്റെ ആദ്യഘട്ടത്തിലെ സുപ്രധാന തീരുമാനമായിരുന്നു വിജിലന്‍സ് മേധാവിയായി ജേക്കബ് തോമസിനെ നിയമിച്ചത്. എന്നാല്‍ പലപ്പോഴും കോടതിയില്‍ നിന്നും മറ്റും വലിയ വിമര്‍ശനമാണ് ജേക്കബ് തോമസിനെതിരെ ഉണ്ടായത്. ഈ സമയത്തെല്ലാം ജേക്കബ് തോമസിനെ സംരക്ഷിക്കുന്ന നിലപാടാണ് മുഖ്യമന്ത്രി എടുത്തത്. പലകേസിലും ഇടതുമുന്നണിയില്‍ തന്നെ ജേക്കബ് തോമസിനെതിരെ വിമര്‍ശനം ഉയര്‍ന്നിരുന്നു. പൊതുജനാഭിപ്രായവും കോടതിയും വിജിലന്‍സിന് എതിരാണെന്നതാണ് ഡയരക്ടറെ മാറ്റുന്നതിന് കാരണമായി പാര്‍ട്ടി ചൂണ്ടിക്കാട്ടുന്നത്. എന്നാല്‍, അഴിമതിയോട് വിട്ടുവീഴ്ചയില്ലാത്ത സമീപനമെന്നതാണ് സര്‍ക്കാറിന്റെ പ്രഖ്യാപിത നയമെന്നും അതിന്റെ അടിസ്ഥാനത്തിലുള്ള നിലപാടുകളും നടപടികളും മാത്രമാണ് തന്റെ വകുപ്പിന്റേതെന്നും ഒരു ജഡ്ജി മാത്രമാണ് വിമര്‍ശനമുന്നയിക്കുന്നതെന്നും ജേക്കബ് തോമസ് വിശദീകരിച്ചെങ്കിലും സ്ഥാനമൊഴിയാതെ പറ്റില്ലെന്ന് മുഖ്യമന്ത്രി അറിയിക്കുകയായിരുന്നു. അഴിമതിക്കെതിരെ മഞ്ഞ, ചുവപ്പ് കാര്‍ഡുകളുമായി രംഗത്തിറങ്ങിയ ജേക്കബ് തോമസ് സ്വന്തം നേതാക്കളെ തന്നെ കുടുക്കുമെന്നായപ്പോള്‍ പാര്‍ട്ടി ഇടപെടുകയായിരുന്നു. സി.പി.എം സംസ്ഥാന സെക്രട്ടറിയേറ്റിനും സംസ്ഥാന കമ്മിറ്റിക്കും പിന്നാലെയാണ് ജേക്കബ് തോമസിന്റെ കാര്യത്തില്‍ തീരുമാനമുണ്ടായത്.